Siendo sus arroyos los que se mencionan a continuación: Tlazole, Chihuila, Zapoloque (límite entre Jalpa y Apozol) y Acongo (límite con Juchipila y este municipio).
Además de sus pozos profundos ubicados en: San Miguel Atotonilco dos, San Francisco, La Mesa en San Miguel, IMSS Apozol, El coyote y Las Cruces en la Purísima, así como Cuco Valenzuela.
Por aquí pasan los macizos de Morones y de Nochistlán, que pertenecen a la Sierra Madre Occidental; sus principales depresiones son los cerros de: el Mixton (que significa gato), el Indio, el Túnico y el San Rafael.